بخش اتاق هاي عمل در طبقه چهارم بيمارستان و يك اتاق عمل در بلوك زايمان جهت سزارين هاي اروژانسی با برخورداري از كادر مجرب و متخصص همراه با آخرين تجهيزات مدرن روز پزشكي آماده ارائه خدمات درماني در كليه ساعات شبانه روز به بيماران محترم مي باشد.

اين بخش داراي 2 اتاق عمل است كه كاربري اتاق ها به تفكيك شامل موارد زير مي باشد:
اتاق عمل شماره 1:
در اين اتاق كليه اعمال جراحي عمومي و جراحي هاي تخصصي انجام مي شود. اين اتاق مجهز به دستگاه لاپاروسكوپ و سيستوسكوپ و سينوسكوپ، هیستروسكوپ مي باشد.
اتاق عمل شماره 2:
اين اتاق مجهز به سيستم آرتروسكوپي و دستگاه C-ARM مي باشد. در اين اتاق كليه جراحي هاي ارتوپدي شامل هيپ، تعويض مفصل، آرتروسكوپي و نيز جراحي ستون فقرات و ديسك و جراحي اعصاب شامل كرانيوتومي انجام مي گيرد.
علاوه بر اين بيمارستان داراي يك اتاق عمل اورژانس در بخش اورژانس تخصصي مي باشد كه كليه اعمال سرپايي در آن انجام مي گيرد و يك اتاق عمل مجهز در بلوك زايمان جهت سزارين ها در شرايط اورژانس مي باشد.

از مشخصه های ویژه اتاق های عمل بیمارستان مهرآیین انجام اعمال جراحی زیبایی ، جراحی های بینی - صورت - لاله گوش - لیفت صورت - جراحی های پستان - ابدومینوپلاستی - لیپوساکشن نواحی مختلف - اعمال جراحی ترمیمی و زیبایی نواحی تناسلی و کلیه اعمال جراحی ارتوپدی و ستون فقرات می باشد . در این اعمال جراحی مهرآیین یکی از شاخص ترین مراکز جهت بیماران به ویژه در حوزه مراجعین بین الملل ( IPD ) می باشد .