بیماری‌های نقص ایمنی، بر توانایی بدن در مبارزه با عفونت‌ها و میکروب‌های بیماری‌زا تاثیر می‌گذارند. در این نوع بیماری‌ها، ویروس‌ها، باکتری‌ها و قارچ‌های بیماری‌زا می‌توانند راحت‌تر باعث عفونت و بیماری شوند و بیماری ناشی از آن‌ها هم اغلب شدیدتر است.
بیماری‌های نقص ایمنی به دو دسته اکتسابی و مادرزادی تقسیم می‌شوند. به بیماری‌های نقص ایمنی مادرزادی، اختلالات نقص ایمنی اولیه هم می‌گویند و برعکس نوع اکتسابی، از همان ابتدای تولد بیمار را درگیر می‌کنند. بیماری‌های نقص ایمنی اکتسابی یا اختلالات ثانویه، به دلایل مختلفی، مانند: عفونت با برخی ویروس‌ها یا ابتلا به برخی سرطان‌ها ایجاد شده و شایع‌تر از اختلالات مادرزادی هستند.